Cele două instituţii muzeale din municipiul Aiud îşi au începuturile în vechiul RARITATUM ET RERUM NATURALIUM MUSEUM` fondat în anul 1796 la iniţiativa profesorului Benkő Ferencz (1745-1816), care a organizat pentru prima dată colecţiile existente în cadrul colegiului Bethlen din localitate. Componenţa patrimoniului muzeal la data înfiinţării ne este cunoscută din CATALOGUS RARITATUM ET BENEFACTORUM No II, document ce se păstrează la Biblioteca Documentară din oraş. 

Dacă la început a funcționat ca un simplu muzeu școlar, anul 1951 a constituit o cotitură în dezvoltarea muzeului, deoarece de la această dată s-au reorganizat colecţiile muzeale şi au fost transformate în expoziţii cu scop educativ. Începând cu aceasta dată, a avut loc divizarea colecţiilor, fiind constituite astfel cele două muzee din localitate: Muzeul de Ştiinţele Naturii şi Muzeul de Istorie.

În prezent din punct de vedere administrativ muzeele sunt subordonate MUNICIPIULUI AIUD, DIRECȚIA DE CULTURĂ, CENTRUL MULTICULTURAL ”LIVIU REBREANU” AIUD.