Accesul în Muzeul de Istorie Aiud se face printr-un gang ce servea ca poartă de intrare în cetate. În partea stângă se află birourile administraţiei şi depozitele iar în dreapta se găsesc sălile de expoziţie.
Expoziţia de bază a muzeului este organizată pe parcursul a patru săli, situate la parterul clădirii (trei dintre acestea) şi la nivelul superior. Tot la nivelul superior se află şi o sală de expoziţii temporare.