Cele două instituţii muzeale din municipiul Aiud îşi au începuturile în vechiul RARITATUM ET RERUM NATURALIUM MUSEUM` fondat în anul 1796 la iniţiativa profesorului Benkő Ferencz (1745-1816), care a organizat pentru prima dată colecţiile existente în cadrul colegiului Bethlen din localitate. Componenţa patrimoniului muzeal la data infiinţării ne este cunoscută din CATALOGUS RARITATUM ET BENEFACTORUM No II, document ce se păstrează la Biblioteca Documentară din oraş. Colecţiei vechi i s-au adăugat an de an diverse obiecte prin colectări, cumpărări şi donaţii înregistrându-se o creştere continuă a patrimoniului muzeal. Din păcate muzeul a traversat şi epoci mai puţin fericite cum ar fi evenimentele din timpul anului revoluţionar 1848-1849, care întrerup munca în cadrul muzeului, colecţiile fiind devastate în noiembrie 1848, cu ocazia ocupării oraşului de către trupele habsburgice.

          În a doua jumătate a sec. XIX muzeul este reorganizat treptat, ajungând să se impună în viaţa culturală a oraşului, fapt consemnat în presa locală de la acea vreme, care relata următoarele: „ ...şcoala are o minunată colecţie numismatică, o colecţie de ştiinţele naturii”, la îmbogăţirea cărora contribuie mulţi cetăţeni din Aiud şi din împrejurimi.

          În anul 1950 a avut loc separarea muzeului de şcoală şi totodată divizarea colecţiilor, fiind constituite astfel cele două muzee din localitate: Muzeul de Ştiinţele Naturii şi Muzeul de Istorie.